Ende der 1990er-Jahre wurde der Bologna-Prozess initiiert, dessen Ziel es war, einen einheitlichen europäischen Hochschulraum zu schaffen. Als ein Instrument sollten unter anderem vergleichbare Studienstrukturen (gestufte Studienstruktur mit Bachelor und Master) geschaffen werden. Im Jahre 2004 beschloss die Kultusministerkonferenz „Rahmenvorgaben für die Einführung von Leistungspunktsystemen und die Modularisierung von Studiengängen“
Auf dieser Grundlage führte die Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät zum Wintersemester 2006/07 die Bachelor- und Masterstudiengänge Wirtschaftswissenschaft und Wirtschaftsingenieur ein und löste damit die Möglichkeit einer Einschreibung in die seit der Gründung der Fakultät angebotenen Diplomstudiengänge ab. Im September 2011 wurde der Diplomstudiengang Wirtschaftswissenschaft endgültig geschlossen, im März 2012 folgte die endgültige Schließung des Diplomstudiengangs Wirtschaftsingenieur.
Die Besonderheit der Bachelor- und Masterstudiengänge bei der Einführung 2006 war, dass die Studienstrukturen von der seinerzeit bundesweit üblichen sechssemestrigen Regelstudienzeit im Bachelor und der viersemestrigen Regelstudienzeit im Master abwichen. Im Studiengang Wirtschaftswissenschaften umfasste die Regelstudienzeit im Bachelor acht Semester und im Master zwei Semester. Zum Wintersemester 2012/13 erfolgt im Studiengang Wirtschaftsingenieur die Umstellung von sieben Semestern im Bachelor und drei Semestern im Master auf sechs Semester im Bachelor und vier Semester im Master und die Einrichtung eines zusätzlichen viersemestrigen Masterstudiengangs Wirtschaftswissenschaft. Die Umstellung der Studienstruktur und damit der Regelstudienzeit im Studiengang Wirtschaftswissenschaft auf sechs Semester im Bachelor und vier Semester im Master erfolgte erst 2017 bzw. 2018.
Bis heute haben ca. 1945 Studierende ihren Bachelorabschluss in Wirtschaftswissenschaft zum „Bachelor of Science“, ca. 381 Studierende ihren Masterabschluss in Wirtschaftswissenschaft zum „Master of Science“ und ca. 1891 Studierenden sowohl ihren Bachelor- als auch ihren Masterabschluss Wirtschaftswissenschaft an der LUH absolviert. Dazu haben ca. 471 Studierende ihren Bachelorabschluss in Wirtschaftsingenieur zum „Bachelor of Science“, ca. 90 Studierende ihren Masterabschluss in Wirtschaftsingenieur zum „Master of Science“ und ca. 781 Studierende sowohl ihren Bachelor- als auch ihren Masterabschluss Wirtschaftsingenieur an der LUH absolviert.